Papst Innozenz III. (1161-1216) legte den Grundstein für die Entwicklung des Inquistionsverfahrens, eine für das Mittelalter neue Form des Ermittlungs- und Strafprozesses. Ursprünglich vorgesehen war die Anwendung des Verfahrens zur Beseitigung innerkirchlicher Missstände. Das Inquisitionsverfahren entwickelte sich aber im Spätmittelalter, ausgehend von seiner Anwendung in der Ketzerinquisition, in verschiedenen Varianten zur vorherrschenden Prozessform sowohl in der geistlichen als auch der weltlichen Gerichtsbarkeit.

Das Christentum vertrat im Gegensatz zu älteren Religionen als monotheistische Offenbarungsreligion einen universellen Wahrheits- und Exklusivitätsanspruch und war als Staatsreligion des Römischen Reiches in staatliche Gefüge eingebettet. Die Idee der Einheit des Staates verband sich so mit der Idee der Einheit der Kirche, wodurch „Glaubensabweichler“ nun auch in den Verdacht kamen, die römische Oberhoheit in Frage zu stellen. Häresie wurde zum Akt des „öffentlichen Aufruhrs“, der ähnlich dem Majestätsverbrechen geahndet werden konnte.